合作医疗保险断交没有什么影响，最多只是在没有缴纳的时间线里面无法享受到保障而已。因为合作医疗保险是按年缴交的，因此合作医疗保险是没有断缴、补缴这一说法的。当年度有缴费，当年度就可享受医保待遇，而且在缴纳时间满一年之后，不管用户是否使用了，该年度的医保都会失效。自然地，一年过后想要进行享受医疗待遇的用户，则需要在第二年时继续缴纳新农合。新农合是自愿进行缴纳的，并不是强制性的。能缴纳新农合医保的农村居民，最好一定要及时进行缴纳。
合作医疗保险：
合作医疗保险指的是农村合作医疗保险，一般被称之为新农合。
农村合作医疗保险由参保人本人、集体共同承担保费;参保人一般每年缴纳两三百元的保费即可。农村户口人群在参保后，将可以通过合作医疗保险解决一部分的医疗费用，能够有效的降低因病带来的经济负担。
农村合作医疗参保人需要缴纳的医疗保费费用，相较于职工医保以及城乡居民医保的都会低一些，不过相应的报销也会更有限一些。
合作医疗报销的是新农合医疗内的疾病医疗费用，属于新农合基本用药目录内的以及基本诊疗项目范围的;超出范围的部分是没有补偿的。另外，住院医疗保险、手术医疗保险、津贴保险以及重疾保险等都是涵盖在内的。
重疾险中包含了心脑血管疾病、癌症、爆发性肝炎等常见的重大疾病;津贴保险包含了住院医疗、癌症医疗以及住院手术三个部分的津贴。
合作医疗保险的用处：
1、门诊补偿：针对被保人就医时产生的相关门诊费用会有一定比例的补偿;其中村卫生室报销60%，镇卫生院保险40%，二级医院就诊保险30%;其他在处方药上也会有一定的限额补偿。
2、住院补偿：住院期间产生的药费、辅助检查费、手术费都有补偿;针对六十岁以上的老人就医，有些还有治疗费和护理费的补偿。
3、大病补偿：针对大病医疗险免赔额以上的部分，会进行分段补偿。
法律依据:
《中华人民共和国社会保险法》
第七条 社会保险行政部门负责全国的社会保险管理工作，其他有关部门在各自的职责范围内负责有关的社会保险工作。
县级以上地方社会保险行政部门负责本行政区域的社会保险管理工作，县级以上地方其他有关部门在各自的职责范围内负责有关的社会保险工作。
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由规定。
第二十 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。